轉(zhuǎn)錄組分析是目前應用比較廣的高通量測序分析技術(shù)之一。常見設計是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡分析等。轉(zhuǎn)錄組的測序分析也相對成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫、上機測序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡單，序列比對-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開始接觸高通量測序?qū)W習比較合適的技術(shù)之一。轉(zhuǎn)錄組學有高通量、更精確的數(shù)字信號。河南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)服務

轉(zhuǎn)錄組學為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風險。轉(zhuǎn)錄組學差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象；根據(jù)前人的文獻報道，挑選相關差異基因，不要局限在自己研究的物種上。廣州mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學分析方法轉(zhuǎn)錄學組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。

全轉(zhuǎn)錄組學測序技術(shù)優(yōu)勢：文庫優(yōu)化：針對不同長度的序列采用兩種文庫構(gòu)建方法，采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全：全轉(zhuǎn)錄組測序完成后可獲取4類主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）數(shù)據(jù)，可對這些數(shù)據(jù)進行標準分析及整合分析。關聯(lián)全：通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續(xù)分析，深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(ceRNA網(wǎng)絡)分析。樣本類型：細胞，組織，體液、血清、血漿、全血，總RNA等。建議總RNA起始量：＞15μg，濃度≥200ng/μL）。

轉(zhuǎn)錄組學（Transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強的時間和空間特性，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎和出發(fā)點，掌握了生物個體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化，可深入了解其生命活動特征和調(diào)控機制。通過新一代高通量測序，能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。轉(zhuǎn)錄組學測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。

全轉(zhuǎn)錄組測序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認只包含mRNA，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA（以miRNA為表示），長鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環(huán)狀RNA（circularRNA,circRNA）上，而這幾類ncRNA的調(diào)控對象都和mRNA有關。因此，全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序，并分析這四者之間復雜的相互作用關系。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。浙江單細胞轉(zhuǎn)錄組學定性分析

轉(zhuǎn)錄組學是研究細胞表型和功能的一個重要手段。河南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)服務

circRNA轉(zhuǎn)錄組學：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細胞質(zhì)或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體（RISC）的催化關鍵，然后導致circRNA降解。根據(jù)來源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。河南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)服務

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