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廣州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)費用

來源: 發(fā)布時間:2021-12-24

全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)優(yōu)勢:文庫優(yōu)化:針對不同長度的序列采用兩種文庫構(gòu)建方法,采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全:全轉(zhuǎn)錄組測序完成后可獲取4類主要RNA(miRNA,mRNA,lncRNA,circRNA)數(shù)據(jù),可對這些數(shù)據(jù)進行標(biāo)準(zhǔn)分析及整合分析。關(guān)聯(lián)全:通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續(xù)分析,深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(ceRNA網(wǎng)絡(luò))分析。樣本類型:細(xì)胞,組織,體液、血清、血漿、全血,總RNA等。建議總RNA起始量:>15μg,濃度≥200ng/μL)。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析。廣州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)費用

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué):也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序(wts)。RNA-seq包含三個步驟:測序文庫的建立,在特定平臺中測序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進行測序。簡而言之,就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在對基因組測序和分析研究的同時,復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達水平情況,更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性(SPN),進一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機制:circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機制可歸類為:依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上,通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點連接到上游的3′受體的位點,索尾插接形成環(huán)化,然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補序列,首先在剪切位點上并排形成RNA雙鏈體,再通過可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA。或者外顯子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競爭進行RNA配對,然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測試步驟:第1步就是把單個細(xì)胞分選出來。分選的方式也比較多,物理切割,酶消化,F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個單細(xì)胞,跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細(xì)胞里的RNA含量是比較少的,難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細(xì)胞量少,需要特殊處理。因為單細(xì)胞里面RNA的量少,所以說整個富集的過程中會出現(xiàn)一部分基因在一個細(xì)胞里能檢測到,在另外一個細(xì)胞里面檢測不到,而每個細(xì)胞里面的檢測存在一個隨機性,同時單細(xì)胞測序深度比較低,所以說分析時相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意,但整體的分析思路是類似的。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué):是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly(A)結(jié)構(gòu),主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)的催化關(guān)鍵,然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序包括mRNA和非編碼RNA。貴州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域

轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強大工具。廣州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)費用

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢有:1、可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高,可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析,能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣,能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,至少需要兩次生物學(xué)重復(fù),3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個重復(fù)為例,加上對照的三個生物學(xué)重復(fù),一次RNA-seq需要6個樣本。廣州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)費用

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