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南京外泌體microRNA轉錄組學定量分析

來源: 發(fā)布時間:2022-04-03

轉錄組及轉錄組測序(RNA-seq):轉錄組即特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組測序(RNA-seq)主要通過高通量測序研究特定組織或細胞在某個時期轉錄出來的mRNA的表達量,進而對相關基因和表型的關系進行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達分析的主要技術是基因芯片,不過由于高通量測序成本的下降,RNA-seq的運用愈來愈普遍。RNA-Seq轉錄組學有著巨大的應用前景。南京外泌體microRNA轉錄組學定量分析

轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子,如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話,難度較大,組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標,差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬,那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標基因?對不同的差異組合進行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象;根據(jù)前人的文獻報道,挑選相關差異基因,不要局限在自己研究的物種上。北京外泌體microRNA轉錄組學定量分析轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科。

轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學功能,如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發(fā)現(xiàn),環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調(diào)控,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運,以及介導瘤耐藥的細胞內(nèi)酶,進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達,可以提高瘤對藥物的敏感性,提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。

單細胞轉錄組關鍵步驟:單細胞的分離和捕獲:溫和分離,稀有細胞。轉錄本的捕獲和擴增:RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA,捕獲效率10%(5-**NA測序需要1ngDNA,極限稀釋加移液分離單細胞;顯微操作分選單細胞;流式分選帶有表面Marker的單細胞;激光切割實體組織;微流控技術;磁珠捕獲,主要用于CTC。它的一個優(yōu)點是可以結合流式細胞熒光分選(FACS,fluorescentactivatedcellsorting)根據(jù)表面Marker分選細胞。因此特別適合分選細胞子集用于測序。它的另一個優(yōu)點是可以獲得細胞形態(tài)全覽圖,提供另外一個維度的信息,可用于鑒定微孔中是否有損傷的細胞或雙份細胞,主要缺點是通量低且每個細胞所需的工作量相當大。轉錄組學可應用于炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預。

單細胞RNA-seq轉錄組學工作流程:單細胞RNA測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型(解離、分選和分離細胞等)量身定制的實驗工作流程開始,然后產(chǎn)生可以比對的序列,量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標準化,以實現(xiàn)許多下游計算分析,例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群,等位基因分析以識別單核苷酸變異(SNV,用星號表示)或拷貝數(shù)變體(CNV)、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境(TME)相互作用的推斷中。單細胞轉錄組學數(shù)據(jù)的分析通常因精心設計的研究設計而變得復雜,這些設計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點(例如,診療前和診療后)收集的同一個人的多個樣本,或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉錄特征,這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。轉錄組學測序必須做生物學重復么?哈爾濱宏轉錄學組研究方法

轉錄組學廣義上指在某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉錄組產(chǎn)物的組合。南京外泌體microRNA轉錄組學定量分析

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