定量蛋白質組學的方法學背景和意義：從生命活動的直接執(zhí)行者——蛋白質的角度研究生命現象和規(guī)律（特別是疾病防治和病理研究）已成為研究生命科學的主要手段。而這些研究往往離不開對細胞、組織中含有蛋白質種類和表達量的研究。對處不同時期、不同條件下蛋白質表達水平變化的研究，識別功能模塊和路徑，監(jiān)控疾病的生物標志物，這些研究都需要對蛋白質進行鑒定和定量。生物質譜技術的出現和不斷成熟為蛋白質差異表達分析提供了更可靠、動態(tài)范圍更廣的研究手段?；谫|譜技術，科學家們不斷開發(fā)出新的定量蛋白質組學方法，來了解細胞、組織或生物體的整體蛋白質動力學。蛋白質組意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”，即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。江蘇常規(guī)蛋白質組學研究內容

定量蛋白質組學方法學介紹：iTRAQ：iTRAQ定量是目前定量蛋白質組學應用比較普遍的技術，該技術的關鍵原理是多肽標記和定量，將多肽的含量轉化為114、115、116和117同位素的含量(或113、114、115、116、117、118、119和121的8標記)，從而簡化了定量的復雜性，然后通過多肽定量值回歸到蛋白的定量值，從而測定出不同樣本之間蛋白質的差異。iTRAQ定量不依賴樣本，可檢測出較低豐度蛋白，胞漿蛋白、膜蛋白、胞外蛋白等，且定量準確，可同時對8個樣本進行分析，并可同時得出鑒定和定量的結果，特別適用于采用多種處理方式或來自多個處理時間的樣本的差異蛋白分析。江蘇常規(guī)蛋白質組學研究內容蛋白質組學技術有等電聚焦。

常規(guī)蛋白質組學：Labelfree多肽組學：顧名思義，就是不使用任何標記方法，直接對肽段進行質譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單，只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計數（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測，所以會丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學：TMT全稱是TandemMassTag，是經典化學標記試劑，普遍用于差異表達蛋白質組分析研究中。該技術采用6重、10重或16重同位素標簽，與肽段的氨基發(fā)生共價結合反應，可實現同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質的定性和定量分析。（目前16標鹿明生物可提供技術服務）。

定量蛋白質組學技術：TMT定量蛋白組學技術：TMT(TandemMassTags)定量蛋白質組學技術多肽體外標記定量技術。這種技術采用多個（2-10）穩(wěn)定同位素標簽，特異性標記多肽的氨基基團進行串聯質譜分析，能夠同時比較多達10種不同樣本中蛋白質的相對含量，可用于研究不同病理條件下或者不同發(fā)育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。iTRAQ定量蛋白組學技術是多肽體外標記定量技術。這種技術同TMT定量蛋白組學技術相似，可研究不同病理條件下或者不同發(fā)育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。蛋白質組學技術的本質（從分析化學角度來看），就是對蛋白質的定性定量分析。

蛋白組學樣本寄送前是否需要精確計數或是稱量？不同樣本寄送會有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實驗用量充足。不需要精確計數或是稱量，項目開展前會進行蛋白濃度的測定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機檢測，但是要保證每個樣本的寄樣量達到實驗要求。常規(guī)定量蛋白組實驗的主要步驟有哪些，數據分析內容包含哪些？實驗步驟：首先獲得生物學樣本，然后進行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑膠質控，還原烷基化，酶解，獲得肽段，（標記+分組分），上機檢測，搜庫軟件搜庫，數據分析；數據分析：主要分為基礎數據分析、?級數據分析和個性化數據分析三個部分。基礎分析主要包括差異表達蛋白篩選、層次聚類分析分析、COG注釋分析、亞細胞定位分析、GO注釋富集分析、KEGG注釋分析、PPI分析等。蛋白質組的概念指由一個基因組，或一個細胞、組織表達的所有蛋白質。深圳Label free非標記定量蛋白質組學質譜鑒定

蛋白質組的概念與基因組的概念有許多差別。江蘇常規(guī)蛋白質組學研究內容

定量蛋白質組學分析（QuantitativeProteomics）是對一個基因組表達的全部蛋白質或一個復雜混合體系內所有蛋白質進行精確鑒定和定量。可用于篩選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達蛋白，結合生物信息學揭示細胞生理病理等功能，同時也可對某些關鍵蛋白進行定性和定量分析。目前定量蛋白質組學技術常見標記（Label）和非標記的（LabelFree）定量策略。定量蛋白質組學技術常見的幾類主要包括：LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學分析、SILAC/Dimethyl標記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學分析。江蘇常規(guī)蛋白質組學研究內容

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