RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關(guān)系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊毎禺?，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達模式，用于診斷疾病和預(yù)測等。基因網(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測多少錢

單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：單細胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第1個為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處，而不會結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個酶有個特點，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時侯，會在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個C堿基來。北京高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究內(nèi)容轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測范圍廣，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍。

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關(guān)系的機制。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步?，F(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進行。

宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴展微生物資源的利用空間。應(yīng)用領(lǐng)域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。

單細胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細胞RNA測序等高通量單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標準化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計的研究設(shè)計而變得復(fù)雜，這些設(shè)計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設(shè)計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。廣東外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達差異的研究。全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測多少錢

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測序分析技術(shù)之一。常見設(shè)計是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測序分析也相對成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫、上機測序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡單，序列比對-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開始接觸高通量測序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測多少錢

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