轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì)：（1）可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題；（2）靈敏度高，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，因此無(wú)需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。（4）檢測(cè)范圍廣，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。轉(zhuǎn)錄組具有空間特異性的特點(diǎn)。靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。優(yōu)勢(shì)：高通量、更精確的數(shù)字信號(hào)；在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)；分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因。應(yīng)用方向：植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；表達(dá)差異的研究；基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè)。靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性的特點(diǎn)。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序有什么樣的樣品要求？（1）樣品純度要求：OD值應(yīng)在1.8至2.2之間；電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。（2）樣品濃度：totalRNA濃度不低于400ng/μg。（3）totalRNA樣品請(qǐng)置于-20℃保存；請(qǐng)?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積、制備時(shí)間、溶劑名稱及物種來(lái)源。請(qǐng)同時(shí)附上QC數(shù)據(jù)，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)。（4）樣品請(qǐng)置于1.5ml管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間，管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運(yùn)輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運(yùn)輸過(guò)程中樣品降解的可能性。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)試步驟：第1步就是把單個(gè)細(xì)胞分選出來(lái)。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個(gè)單細(xì)胞，跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來(lái)去建庫(kù)測(cè)序。但是一個(gè)細(xì)胞里的RNA含量是比較少的，難建庫(kù)成功。這個(gè)里面“量”的概念很有意思。比如說(shuō)單細(xì)胞量少，需要特殊處理。因?yàn)閱渭?xì)胞里面RNA的量少，所以說(shuō)整個(gè)富集的過(guò)程中會(huì)出現(xiàn)一部分基因在一個(gè)細(xì)胞里能檢測(cè)到，在另外一個(gè)細(xì)胞里面檢測(cè)不到，而每個(gè)細(xì)胞里面的檢測(cè)存在一個(gè)隨機(jī)性，同時(shí)單細(xì)胞測(cè)序深度比較低，所以說(shuō)分析時(shí)相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類(lèi)似的。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：在早期，由于測(cè)序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ)。這些高通量研究方法主要可以分為兩類(lèi)：一類(lèi)是基于這類(lèi)方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)、RNA測(cè)序技術(shù)其中，Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來(lái)的先驅(qū)技術(shù)，SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測(cè)序條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究有助于了解特定生命過(guò)程中相關(guān)基因的整體表達(dá)情況，進(jìn)而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過(guò)程的代謝網(wǎng)絡(luò)及其調(diào)控機(jī)理。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。深圳單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類(lèi)具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒(méi)有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲(chǔ)存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時(shí)由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）的催化關(guān)鍵，然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來(lái)源，circRNA可大致分為四類(lèi)：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

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