LabelFree(非標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)):在非標(biāo)記策略的定量模型中,主要涉及兩種不同的算法:其一,以肽段的色譜峰積分面積為基礎(chǔ),通過比較一對生物樣品中相對應(yīng)到蛋白質(zhì)酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度;其二,以肽段被質(zhì)譜檢測的計(jì)數(shù)為基礎(chǔ),通過歸一化來表征被檢測蛋白質(zhì)的相對豐度。非標(biāo)記技術(shù)認(rèn)為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測的頻率(Counts)與其在混合物中的豐度成正相關(guān),因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測的計(jì)數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度,通過適當(dāng)?shù)臄?shù)學(xué)公式可以將質(zhì)譜檢測計(jì)數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質(zhì)進(jìn)行定量。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)有等電聚焦。四川TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容
蛋白質(zhì)組學(xué)主要以全蛋白組(組織、細(xì)胞)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象,通過對蛋白組進(jìn)行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學(xué)功能、作用機(jī)制、疾病診斷的標(biāo)志物以及預(yù)測蛋白的上、下游變化關(guān)系。蛋白質(zhì)組學(xué)可以克服核酸水平預(yù)測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。常用技術(shù):非靶向蛋白組學(xué):蛋白質(zhì)定性(膠條鑒定和溶液鑒定),高通量定量蛋白組(Labelfree、iTRAQ/TMT和DIA定量),多肽組學(xué)。四川TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容蛋白質(zhì)組學(xué)與其它學(xué)科的交叉也將日益明顯和重要。
LabelFree(非標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)):應(yīng)用:1.需要快速在大量樣本中找到差異表達(dá)的蛋白組合。2.需要在較短時(shí)間以較低成本得到具有提示意義的蛋白表達(dá)數(shù)據(jù)。3.需要檢測的樣品蛋白含量低。4.需要檢測相互作用蛋白。技術(shù)特點(diǎn):1.對質(zhì)譜儀器設(shè)備要求較高,色譜和質(zhì)譜需要同時(shí)有較好的穩(wěn)定性和重復(fù)性。2.需要有特殊的定量分析軟件。3.對樣品中蛋白質(zhì)總量要求較低,實(shí)驗(yàn)周期短,實(shí)驗(yàn)費(fèi)用低。4.不需要額外并且昂貴的標(biāo)記試劑,排除了標(biāo)記過程帶入實(shí)驗(yàn)誤差的風(fēng)險(xiǎn),同時(shí)也不必考慮標(biāo)記效率的問題。
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):電噴霧質(zhì)譜:ESI-MS是利用高電場使質(zhì)譜進(jìn)樣端的毛細(xì)管柱流出的液滴帶電,在N2氣流的作用下,液滴溶劑蒸發(fā),表面積縮小,表面電荷密度不斷增加,直至產(chǎn)生的庫侖力與液滴表面張力達(dá)到雷利極限,液滴爆裂為帶電的子液滴,這一過程不斷重復(fù)使液滴非常細(xì)小呈噴霧狀,這時(shí)液滴表面的電場非常強(qiáng)大,使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進(jìn)入質(zhì)量分析器。ESI-MS從液相中產(chǎn)生離子,一般說來,肽段的混合物經(jīng)過液相色譜分離后,經(jīng)過偶聯(lián)的與在線連接的離子阱質(zhì)譜分析,給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時(shí)間一般較長。目前,許多實(shí)驗(yàn)室兩種質(zhì)譜方法連用,獲得有意義的蛋白質(zhì)的肽段序列,設(shè)計(jì)探針或引物來獲得有意義的基因。隨著蛋白質(zhì)組研究的深入,又有多種新型質(zhì)譜儀出現(xiàn),主要是在上述質(zhì)譜儀的基礎(chǔ)上進(jìn)行改進(jìn)與重新組合。在對早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治理方面蛋白質(zhì)組技術(shù)也有十分誘人的前景。
蛋白質(zhì)組學(xué):蛋白質(zhì)組一詞,源于蛋白質(zhì)與基因組兩個(gè)詞的組合,意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”,即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學(xué)本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征,包括蛋白質(zhì)的表達(dá)水平,翻譯后的修飾,蛋白與蛋白相互作用等,由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生,細(xì)胞代謝等過程的整體而全方面的認(rèn)識(shí)。蛋白質(zhì)組的研究不只能為生命活動(dòng)規(guī)律提供物質(zhì)基礎(chǔ),也能為眾多種疾病機(jī)理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。通過對正常個(gè)體及病理個(gè)體間的蛋白質(zhì)組比較分析,我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質(zhì)分子”,它們可成為新藥物設(shè)計(jì)的分子靶點(diǎn),或者也會(huì)為疾病的早期診斷提供分子標(biāo)志。確實(shí),那些世界范圍內(nèi)銷路*的藥物本身是蛋白質(zhì)或其作用靶點(diǎn)為某種蛋白質(zhì)分子。因此,蛋白質(zhì)組學(xué)研究不只是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業(yè)帶來巨大的利益。蛋白質(zhì)組學(xué)在生物學(xué)領(lǐng)域的研究中的應(yīng)用是怎樣的?南京Label free非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)價(jià)格
蛋白質(zhì)組研究技術(shù)涉及到各種重要的生物學(xué)現(xiàn)象,如信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞分化、蛋白質(zhì)折疊等等。四川TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容
定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析(QuantitativeProteomics)是對一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進(jìn)行精確鑒定和定量??捎糜诤Y選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達(dá)蛋白,結(jié)合生物信息學(xué)揭示細(xì)胞生理病理等功能,同時(shí)也可對某些關(guān)鍵蛋白進(jìn)行定性和定量分析。目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見標(biāo)記(Label)和非標(biāo)記的(LabelFree)定量策略。定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)常見的幾類主要包括:LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學(xué)分析、SILAC/Dimethyl標(biāo)記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學(xué)、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學(xué)分析。四川TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究內(nèi)容
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