RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱(chēng)為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥(niǎo)測(cè)序（wts）。RNA-seq包含三個(gè)步驟：測(cè)序文庫(kù)的建立，在特定平臺(tái)中測(cè)序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對(duì)從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測(cè)序。簡(jiǎn)而言之，就是對(duì)剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析。RNA-Seq原理：在對(duì)基因組測(cè)序和分析研究的同時(shí)，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來(lái)。利用高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息，精確地識(shí)別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN），進(jìn)一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一般來(lái)說(shuō)在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)：基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系。基因分類(lèi)：找到細(xì)胞特異，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達(dá)模式，用于診斷疾病和預(yù)測(cè)等?；蚓W(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能，基因間的相互作用。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序流程：1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測(cè)序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過(guò)程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因；3、不同的外界條件處理，如細(xì)菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對(duì)基因表達(dá)的影響；4、同一個(gè)體，不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強(qiáng)的時(shí)間和空間特性，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，掌握了生物個(gè)體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化，可深入了解其生命活動(dòng)特征和調(diào)控機(jī)制。通過(guò)新一代高通量測(cè)序，能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。

RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)范圍廣，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍。山東SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)，提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)，更高的檢測(cè)通量以及更普遍的檢測(cè)范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具?；诟咄繙y(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息，從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

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