轉(zhuǎn)錄組學(xué)含義:轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程是基因表達的第一步,也是基因表達調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。所謂基因表達,是指基因攜帶的遺傳信息轉(zhuǎn)變?yōu)榭杀鎰e的表型的整個過程。與基因組不同的是,轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環(huán)境下,其基因表達情況是不完全相同的。通常,同一種組織表達幾乎相同的一套基因以區(qū)別于其他組織,如腦組織或心肌組織等分別只表達全部基因中不同的30%而顯示出組織的特異性。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定
什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和。轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,和表達譜有什么區(qū)別?轉(zhuǎn)錄組,指細胞某一時期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。轉(zhuǎn)錄組學(xué),是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。廣東全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢:RNA-seq技術(shù)可以檢測到低水平表達、未識別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物,檢測到等位基因的具體表達方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中,一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉(zhuǎn)錄序列,而不是有限制數(shù)量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結(jié)合使用,產(chǎn)生更多的生物學(xué)上重要的信息。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,科學(xué)家也逐漸認識到對基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來需要解決的問題是:研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達調(diào)控方式,以及這些基因在不同的時空條件下的表達差異等。這些問題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來解決,而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對基因及其轉(zhuǎn)錄表達產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué),將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。
單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):單細胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法:SMART擴增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù),就是設(shè)計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構(gòu)成,但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基,而倒數(shù)第1個為簡并堿基,這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處,而不會結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶,這個酶有個特點,就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時侯,會在新合成的cDNA的3’末端,多加出幾個C堿基來。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用
轉(zhuǎn)錄組,指細胞某一時期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定
RNA-Seq,是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法:首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進行mRNA富集,然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進行的新一代高通量測序,在此基礎(chǔ)上進行片段的拼接組裝,從而可得到一個個的轉(zhuǎn)錄本,進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進行比較分析,則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達水平的變化,針對關(guān)鍵基因則可以進行代謝通路(Pathway)的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定