單細胞轉錄組學技術：單細胞轉錄組目前主要有三種方法：SMART擴增技術、10×genomics技術及Andeplete技術。SMART擴增技術比較關鍵的技術，就是設計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉錄酶進行逆轉錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第1個為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處，而不會結合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉錄酶，這個酶有個特點，就是它在轉錄到mRNA的5’端末端的時侯，會在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個C堿基來。轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科。四川外泌體轉錄組學方法

轉錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內(nèi)的完整轉錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類、確定基因的轉錄結構、量化轉錄物的表達水平。蛋白質是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。整合轉錄組學和蛋白質組學的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。湖北高通量轉錄組學質譜分析轉錄組學分析轉錄本的結構和表達水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉錄本和稀有轉錄本。

單細胞轉錄組學技術：10×genomics技術：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機序列，也就是說每一個DNA分子，都有自己的UMI序列（一個微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開，并可以標記RNA分子的數(shù)量）。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復還是duplication及區(qū)分是真實的SNP位點還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴。

什么是轉錄組學測序？轉錄組廣義上指在某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。無參轉錄組和有參轉錄組的區(qū)別？如果所研究的物種有組裝注釋質量較好基因組序列，且和該基因組序列比對效率較高，那么可以采用有參轉錄組的分析策略，直接進行分析。反之，則需要按照無參轉錄組的分析策略進行轉錄本組裝，構建unigene庫，然后進行后續(xù)分析。轉錄學組測序是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。

轉錄組學測序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉錄組測序等。2.根據(jù)物種特點：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺的不同，分為真核有參和無參轉錄組測序，原核轉錄組測序，全長轉錄組測序等。3.根據(jù)相互關系：分為互作轉錄組，比較轉錄組等等；此外，基因組甲基化會影響到基因的轉錄調(diào)控，也屬于轉錄調(diào)控測序范疇；還有用于研究轉錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq，研究RNA與蛋白互作關系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。普通轉錄組學測序適用于哪些情況？江蘇單細胞轉錄組學分析

轉錄組學狹義上指所有mRNA的組合。四川外泌體轉錄組學方法

轉錄組學研究的方法：在早期，由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉錄組學研究者只能進行極少數(shù)特定基因的結構功能分析和表達研究。近十幾年，分子生物學技術的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉錄組學的研究奠定了基礎。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達序列標簽技術、基因表達系列分析技術、大規(guī)模平行測序技術、RNA測序技術其中，Microarray和EST技術是較早發(fā)展起來的先驅技術，SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉錄組學研究方法轉錄組學研究有助于了解特定生命過程中相關基因的整體表達情況，進而從轉錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡及其調(diào)控機理。四川外泌體轉錄組學方法

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