普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序必須做生物學(xué)重復(fù)么？需要幾個重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實驗所必須的，轉(zhuǎn)錄組測序也不例外，至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時，通過對實驗的預(yù)先設(shè)計和控制，盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個測序文庫（一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。濟南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質(zhì)性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當(dāng)我們對整個組織進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態(tài)，所以說單細胞從這個來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。浙江靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需預(yù)先設(shè)計特異性探針。

RNA-Seq，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎(chǔ)上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉(zhuǎn)錄本，進而可以形成對該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達水平的變化，針對關(guān)鍵基因則可以進行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。

全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制，因此在進行測序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉(zhuǎn)錄本，這就會造成一定的錯誤比例，同時在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān)，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究細胞表型和功能的一個重要手段。

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進行大規(guī)模高通量測序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部優(yōu)點，可以檢測環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進行研究，還可以比較不同環(huán)境下的差異表達基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機制，探索環(huán)境與微生物之間的互作機理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測范圍廣，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍。濟南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。濟南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：單細胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計了2個特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個簡并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個堿基是A、C、G而非T的簡并堿基，而倒數(shù)第1個為簡并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個連接處，而不會結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個酶有個特點，就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時侯，會在新合成的cDNA的3’末端，多加出幾個C堿基來。濟南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)

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