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代謝組學(xué)介紹:通過(guò)液質(zhì)聯(lián)用(LC-MS)方法檢測(cè)生物體受外界刺激前后體內(nèi)大多數(shù)小分子代謝物的動(dòng)態(tài)變化,重點(diǎn)尋找在實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組中有明顯變化的代謝物,進(jìn)而研究這些代謝物與生理病理變化的相關(guān)關(guān)系,其研究對(duì)象大多是分子量1500Da以內(nèi)的小分子物質(zhì)。技術(shù)優(yōu)勢(shì):較高的靈敏度、分辨率;較寬的動(dòng)態(tài)范圍;適合對(duì)標(biāo)本中未知代謝物的探索研究;適合于生物樣本中復(fù)雜代謝產(chǎn)物的檢測(cè)和潛在標(biāo)志物的鑒定。代謝組學(xué)應(yīng)用方向: 土壤代謝組學(xué)。研究土壤中有機(jī)質(zhì)及土壤微生物代謝含量變化及相互作用,了解土壤微生物多樣性及其碳代謝能力,為探索調(diào)節(jié)、控制和改善土壤環(huán)境質(zhì)量提供重要的參考。代謝組學(xué)技術(shù)可應(yīng)用于病因病機(jī)研究。四川非靶向代謝組學(xué)分析鑒定
代謝組學(xué)研究方法:代謝組學(xué)的研究方法與蛋白質(zhì)組學(xué)的方法類似,通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(LC-MS)的方法,比較不同血樣中各自的代謝產(chǎn)物以確定其中所有的代謝產(chǎn)物。從本質(zhì)上來(lái)說(shuō),代謝指紋分析涉及比較不同個(gè)體中代謝產(chǎn)物的質(zhì)譜峰,然后了解不同化合物的結(jié)構(gòu),建立一套完備的識(shí)別這些不同化合物特征的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析(metabolomic profiling),研究人員假定了一條特定的代謝途徑,并對(duì)此進(jìn)行更深入的研究。南京個(gè)性化定制靶向代謝組學(xué)技術(shù)分析代謝組學(xué)是對(duì)某一生物或細(xì)胞中相對(duì)分子量小于1,000的小分子代謝產(chǎn)物進(jìn)行定性和定量分析的一門新學(xué)科。
靶向代謝組學(xué)分析成功的關(guān)鍵因素是準(zhǔn)確度、高通量和可靠性。靶向代謝組學(xué)鑒定一般采用 GC/MS 系統(tǒng)的選擇性離子監(jiān)測(cè) (SIM),或在三重串聯(lián)四極桿 LC/MS 系統(tǒng)上用多反應(yīng)離子監(jiān)測(cè) (MRM) 進(jìn)行靶向 MS/MS。SIM 比全掃描圖譜采集具有更高的靈敏度,在單四極桿質(zhì)譜中,這種靈敏度增強(qiáng)的原因是延長(zhǎng)了所選擇離子的采集時(shí)間。因?yàn)楸O(jiān)測(cè)的是一個(gè)很小的質(zhì)量窗口,所以質(zhì)量色譜圖只表示對(duì)極為特定質(zhì)量的檢測(cè)。在大多數(shù)情況下,靈敏度可以提高 10 倍。MRM 是進(jìn)行質(zhì)譜定量的選擇方法,與 SIM 相比更為靈敏、更加特異??梢援a(chǎn)生獨(dú)特的碎片離子,可對(duì)非常復(fù)雜基質(zhì)中的目標(biāo)化合物進(jìn)行監(jiān)測(cè)和定量。
如何獲得高質(zhì)量GC/MS代謝組學(xué)數(shù)據(jù)?實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)先不談,在儀器分析階段,若想獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù),有以下幾個(gè)方面需要注意。1)前處理方法的一致性。不同實(shí)驗(yàn)人員操作方式不盡相同。因此,一個(gè)項(xiàng)目應(yīng)當(dāng)只由一個(gè)人負(fù)責(zé)前處理。推薦使用自動(dòng)衍生設(shè)備,以減少人為的誤差。2)檢測(cè)之前需確保儀器處于比較好工作狀態(tài)。儀器的控制軟件都有系統(tǒng)自檢功能,可以快速便捷地核查質(zhì)譜儀器的狀態(tài)。但更重要的是氣相色譜狀態(tài),推薦使用一組混標(biāo)作為儀器質(zhì)控。在每一個(gè)項(xiàng)目開始之前,先進(jìn)行質(zhì)控樣檢測(cè),確認(rèn)氣相色譜的分離度和質(zhì)譜的整體響應(yīng)。3)后期數(shù)據(jù)矯正,特別是對(duì)于大樣本項(xiàng)目。我們可以在檢測(cè)序列中加入隨行質(zhì)控樣本(每個(gè)樣品取少量后混合),在后期數(shù)據(jù)處理時(shí),使用質(zhì)控樣本結(jié)合如LOESS之類的算法對(duì)整體數(shù)據(jù)進(jìn)行矯正。代謝組學(xué)作為系統(tǒng)生物學(xué)的一個(gè)重要的分支,與其他組學(xué)相比有著其特有的優(yōu)勢(shì)。
代謝組學(xué)比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法:多變量分析:多變量分析方法能同時(shí)處理數(shù)百或數(shù)千個(gè)變量,并且能處理變量之間的相互關(guān)系。利用變量之間的協(xié)方差或相關(guān)性,使原始數(shù)據(jù)在較低維空間上的投影能盡可能地捕獲數(shù)據(jù)中的信息。但是如果存在大量無(wú)信息變量可能會(huì)妨礙多變量分析的能力,無(wú)信息變量的數(shù)量越多,減少真陽(yáng)性數(shù)量的效果就越明顯。多變量分析分為無(wú)監(jiān)督分析方法和有監(jiān)督分析方法。在代謝組學(xué)分析中無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)有主成分分析只需要數(shù)據(jù)集X,而有監(jiān)督分析方法主要是偏比較小二乘判別分析和正交偏比較小二乘判別分析,這類方法在分析時(shí)除了需要數(shù)據(jù)集X,還需對(duì)樣品進(jìn)行指定并分組, 這樣分組后模型將自動(dòng)加上另外一個(gè)隱含的數(shù)據(jù)集Y,通常Y的賦值用-1/1或者0/1表示類別信息。代謝組學(xué)主要技術(shù)手段是核磁共振。貴陽(yáng)LC-MS/MS非靶向代謝組學(xué)分析方法
代謝組學(xué)作為系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分,在臨床醫(yī)學(xué)領(lǐng)域具有普遍的應(yīng)用前景。四川非靶向代謝組學(xué)分析鑒定
代謝組學(xué)樣本收集注意事項(xiàng):(1)血液離開動(dòng)物或人體后,應(yīng)盡快開展血清、血漿的分離,并嚴(yán)格按照操作說(shuō)明進(jìn)行。(2)采集到的血清為黃色透明液體、血漿為淡黃色半透明液體,如果發(fā)現(xiàn)樣本中是紅色,說(shuō)明在已經(jīng)發(fā)生了了溶血現(xiàn)象,樣本需重新制備。(3)血清與血漿的主要區(qū)別在于血清中不含纖維蛋白原。血清和血漿中脂質(zhì),氨基酸,核苷酸等代謝譜存在差別。糞便樣本收集:1.人糞便:(1)用無(wú)菌勺挖取新鮮的,排泄中后部的內(nèi)側(cè)糞便(避免尿液及其他壁對(duì)樣本污染);(2)分裝樣本20mg/管。(3)迅速放入液氮中冷凍處理至少15min.(4)-80℃冰箱凍存。寄樣需足量干冰。四川非靶向代謝組學(xué)分析鑒定
上海拜譜生物科技有限公司主要經(jīng)營(yíng)范圍是商務(wù)服務(wù),擁有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)和良好的市場(chǎng)口碑。公司自成立以來(lái),以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個(gè)細(xì)節(jié),公司旗下多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測(cè),蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)深受客戶的喜愛(ài)。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力,努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識(shí),遵守行業(yè)規(guī)范,植根于商務(wù)服務(wù)行業(yè)的發(fā)展。拜譜生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務(wù)、眾多的成功案例積累起來(lái)的聲譽(yù)和口碑,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。