RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢:相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況,還可以揭示未知的轉錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究復雜性轉錄組的強大工具。鑒于這些優(yōu)勢,RNA-Seq很快就被應用到關于瘤病相關研究的多個方面。轉錄組學能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。杭州高通量轉錄組學定性分析
RNA-Seq,是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集,然后反轉錄為cDNA后進行的新一代高通量測序,在此基礎上進行片段的拼接組裝,從而可得到一個個的轉錄本,進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉錄組進行比較分析,則可以在轉錄層面得到基因表達水平的變化,針對關鍵基因則可以進行代謝通路(Pathway)的構建。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。南京IncRNA轉錄組學研究轉錄組學可以對任意物種進行全基因組分析。
轉錄組學:轉錄組學是研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉錄出所有RNA的學科,轉錄組測序是指利用高通量測序方法,研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉錄出的所有mRNA,用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達、結構的差異,闡明分子機制。應用領域:醫(yī)學研究:疾病標志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復發(fā)診斷、病因與病理機制探究、臨床療效評價、藥物毒理學評價。生命科學研究:非生物環(huán)境關系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應用、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應用。
circRNA轉錄組學成環(huán)機制:circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機制可歸類為:依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上,通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點連接到上游的3′受體的位點,索尾插接形成環(huán)化,然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側的內(nèi)含子中含有反向互補序列,首先在剪切位點上并排形成RNA雙鏈體,再通過可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?;蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側的內(nèi)含子可以競爭進行RNA配對,然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。普通轉錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。
RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢:RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網(wǎng)絡的構建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉錄物,檢測到等位基因的具體表達方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中,一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉錄序列,而不是有限制數(shù)量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結合使用,產(chǎn)生更多的生物學上重要的信息。轉錄組學狹義上指所有mRNA的組合。山東mRNA-seq轉錄組學技術分析
轉錄組具有時間特異性的特點。杭州高通量轉錄組學定性分析
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