轉(zhuǎn)錄組學應用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學功能,如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn),環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉(zhuǎn)運,以及介導瘤耐藥的細胞內(nèi)酶,進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達,可以提高瘤對藥物的敏感性,提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。杭州RNA轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)服務
轉(zhuǎn)錄組學和基因組學目前有實用價值嗎?二者實用價值非常大,尤其是對有瘤的患者的醫(yī)治,簡直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學研究中有著重要價值。例如研究某個基因功能的時候,可以構(gòu)建該基因的敲除或者過表達生物,然后對比野生型進行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達網(wǎng)絡。此外在醫(yī)學方面的應用也很大,例如在有的瘤病人中進行基因組學測序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動基因,然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動基因研究靶向藥物,從而推動瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治!貴陽SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學方法轉(zhuǎn)錄學組測序可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測。
單細胞轉(zhuǎn)錄組學技術(shù):Anydeplete技術(shù)首先通過隨機引物進行一鏈合成,一鏈合成引入核苷酸類似物,用于酶切打斷,二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭,接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物,用于酶切降解。當形成單鏈文庫后,設計特異性引物與rRNA形成文庫結(jié)合,一輪退火延伸,rRNA文庫形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點,當形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點被識別,切去接頭,這樣rRNA形成的文庫不帶有完整的接頭,而其他文庫帶有完整接頭,通過PCR擴增富積既能得到想要的信息,包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣,包含分子標簽,可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點。
全長轉(zhuǎn)錄組學測序:由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制,因此在進行測序之前,需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉(zhuǎn)錄本,這就會造成一定的錯誤比例,同時在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢:1、全方面鑒定可變剪切;2、發(fā)現(xiàn)更多新基因;3、有效改善基因組注釋;4、鑒定更多的LncRNA;5、準確定位融合基因。研究思路:由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù),因而其成本依然較高,如果全部研究項目均基于全長轉(zhuǎn)錄組,通常來說很難承擔,因此,全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合。轉(zhuǎn)錄組學可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列。
轉(zhuǎn)錄組學測序結(jié)果的影響因素?RNA的降解嚴重影響測序的質(zhì)量,RNA降解后,加入poly-A后無法捕獲純化mRNA,因此,隨機引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA,導致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾,影響測序結(jié)果的準確性;同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致,實驗前需要對樣本進行均一化處理,否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因,導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。轉(zhuǎn)錄組學可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測。武漢circ RNA轉(zhuǎn)錄組學分析
轉(zhuǎn)錄組學可應用于表達差異的研究。杭州RNA轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)服務
單細胞轉(zhuǎn)錄組學測試步驟:第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多,物理切割,酶消化,F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個單細胞,跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的,難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細胞量少,需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少,所以說整個富集的過程中會出現(xiàn)一部分基因在一個細胞里能檢測到,在另外一個細胞里面檢測不到,而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性,同時單細胞測序深度比較低,所以說分析時相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意,但整體的分析思路是類似的。杭州RNA轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)服務
上海拜譜生物科技有限公司位于東川路555號丙樓1171室。公司業(yè)務分為多組學服務,質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學,代謝組學等,目前不斷進行創(chuàng)新和服務改進,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務。公司從事商務服務多年,有著創(chuàng)新的設計、強大的技術(shù),還有一批**的專業(yè)化的隊伍,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務。拜譜生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務、眾多的成功案例積累起來的聲譽和口碑,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。