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轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptome)廣義上指某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,包括信使RNA(mRNA)、核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA);狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組具有很強(qiáng)的時(shí)間和空間特性,是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn),掌握了生物個(gè)體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化,可深入了解其生命活動(dòng)特征和調(diào)控機(jī)制。通過(guò)新一代高通量測(cè)序,能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號(hào)。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)價(jià)格
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念:普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA,獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA,然后建庫(kù)測(cè)序,獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類(lèi)型的細(xì)胞,尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織進(jìn)行測(cè)序時(shí),它們本身就是由不同類(lèi)型的細(xì)胞組成的,而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來(lái)測(cè)序,相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類(lèi)型的差異,展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài),所以說(shuō)單細(xì)胞從這個(gè)來(lái)看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè),不是用一堆細(xì)胞測(cè)。浙江轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì):(1)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題;(2)靈敏度高,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;(3)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針,因此無(wú)需了解物種基因信息,能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域。(4)檢測(cè)范圍廣,高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍,能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順?lè)醋樱绻凑諢o(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話,難度較大,組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標(biāo),差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn),那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問(wèn)題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標(biāo)基因?對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象;根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道,挑選相關(guān)差異基因,不要局限在自己研究的物種上。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果的影響因素?RNA的降解嚴(yán)重影響測(cè)序的質(zhì)量,RNA降解后,加入poly-A后無(wú)法捕獲純化mRNA,因此,隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無(wú)法得到全部的cDNA,導(dǎo)致測(cè)序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫(kù)中的poly-A多聚物的存在會(huì)對(duì)測(cè)序信號(hào)產(chǎn)生干擾,影響測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性;同時(shí)由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致,實(shí)驗(yàn)前需要對(duì)樣本進(jìn)行均一化處理,否則高豐度的表達(dá)基因會(huì)掩蓋低豐度表達(dá)基因,導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無(wú)意義的重復(fù)序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。武漢外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析
轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點(diǎn)。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)價(jià)格
轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合,表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類(lèi)、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者,蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行研究,可以從整體上解釋生物學(xué)問(wèn)題,探究生物體生理和疾病機(jī)理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究:利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測(cè)瘤細(xì)胞惡化過(guò)程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)價(jià)格
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