宏轉錄學組的概念:宏轉錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉錄本)的匯合。通過對這些轉錄本進行大規(guī)模高通量測序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉錄組信息。這種技術不只具有宏基因組技術的全部優(yōu)點,可以檢測環(huán)境中的活性微生物、活性轉錄本以及活性功能進行研究,還可以比較不同環(huán)境下的差異表達基因和差異功能途徑,揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制,探索環(huán)境與微生物之間的互作機理。宏轉錄組學適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農業(yè)等領域。浙江外泌體microRNA轉錄組學分析價格
單細胞轉錄組關鍵步驟:單細胞的分離和捕獲:溫和分離,稀有細胞。轉錄本的捕獲和擴增:RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA,捕獲效率10%(5-**NA測序需要1ngDNA,極限稀釋加移液分離單細胞;顯微操作分選單細胞;流式分選帶有表面Marker的單細胞;激光切割實體組織;微流控技術;磁珠捕獲,主要用于CTC。它的一個優(yōu)點是可以結合流式細胞熒光分選(FACS,fluorescentactivatedcellsorting)根據(jù)表面Marker分選細胞。因此特別適合分選細胞子集用于測序。它的另一個優(yōu)點是可以獲得細胞形態(tài)全覽圖,提供另外一個維度的信息,可用于鑒定微孔中是否有損傷的細胞或雙份細胞,主要缺點是通量低且每個細胞所需的工作量相當大。廣州SmalIRNA轉錄組學分析研究轉錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?
全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫?全轉錄組測序需要構建2個測序文庫,一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,然后分別上機測序。小RNA長度較短,一般小于50nt,采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可達幾萬,通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。
轉錄組學測序流程:1、樣品RNA準備。2、測序文庫構建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達基因;3、不同的外界條件處理,如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對基因表達的影響;轉錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學可應用于基因點突變及多態(tài)性檢測。
什么叫轉錄組?廣義轉錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質分子和它們所組成的基因功能網絡以及它們與細胞功能的關系.而狹義轉錄組是指可直接參與翻譯蛋白質的mRNA總和.研究生物細胞中轉錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學就稱為轉錄組學(tran—scriptomics).轉錄組學的意義1.轉錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息,并據(jù)此推斷相應未知基因的功能,揭示特定調節(jié)基因的作用機制.2.通過基于基因表達譜的分子標簽,不僅可以辨別細胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉錄組的研究應用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤子,通過轉錄組差異表達譜的建立,可以詳細描繪出患者的生存期以及對藥物的反應等。轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。武漢宏轉錄學組技術服務
轉錄組學測序有什么樣的樣品要求?浙江外泌體microRNA轉錄組學分析價格
circRNA轉錄組學生物學功能:circRNA主要存在于細胞質或外泌體中,具有組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年,大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育、脅迫應答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關,并預測其在疾病診斷標記物等方面的應用前景,但其生物學功能在很大程度上仍然未知。目前認可度比較高的circRNA生物學功能。circRNA轉錄組學成環(huán)機制:circRNA環(huán)化方式分為內含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機制可歸類為:依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上,通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′ 供體的位點連接到上游的3′ 受體的位點,索尾插接形成環(huán)化,然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進circRNA形成。浙江外泌體microRNA轉錄組學分析價格