蛋白質翻譯后修飾自中而下分析策略：自中而下的蛋白質組學技術可用于組蛋白修飾的分析。樣品制備與普遍使用的自下而上的分析策略相同，直到得到純化的組蛋白。提取組蛋白后，用GluC進行消化。然后用弱陽離子交換/親水相互作用色譜（WCX-HILIC）與配備電子轉移解離（ETD）的高分辨率質譜聯(lián)機聯(lián)用，對樣品進行理想的分離。譜識別可以用傳統(tǒng)的軟件進行，但是由于估計適當?shù)腻e誤發(fā)現(xiàn)率的問題，需要對結果進行過濾。自上而下分析策略：自上而下的技術可以直接引入完整的蛋白質并在串聯(lián)質譜儀上對其進行片段化，不需要蛋白質水解消化。目前，有兩種完全分離蛋白質的方法：離線和在線。前者用四維分離法，后者用WCX-HILIC。蛋白質發(fā)生翻譯后修飾時其分子質量會發(fā)生響應的改變，通過質譜能夠精確測定蛋白質或多肽的分子質量。杭州亞硝基化修飾蛋白質組學技術服務

乙?；揎椀鞍捉M學介紹：蛋白質乙?；?Acetylation)是蛋白在乙?；D移酶(或非酶)的催化下，將乙?；鶊F轉移并添加在蛋白賴氨酸殘基或蛋白N端上的過程，在調控蛋白質功能、染色質結構和基因表達中起重要作用。乙酰化修飾主要分為兩類：蛋白N端的乙?；揎椇偷鞍踪嚢彼嵘系囊阴；揎?。N端乙?；揎棿蟛糠职l(fā)生在真核生物的蛋白上，由N乙酰轉移酶(NATs)催化；賴氨酸上的乙?；揎検且粋€可逆的過程，主要由賴氨酸乙?；?KATs)和賴氨酸去乙?；?KDACs)催化。深圳丙酰化修飾蛋白質組學方法泛素化修飾還可以直接影響蛋白質的活性和定位。

糖基化修飾蛋白質組學：蛋白質的糖基化具有異質性。不同的糖鏈可以連接到同一位點上，不同位點可以連接到同一蛋白質上的不同糖鏈上。糖基化的異質性嚴重阻礙了糖蛋白的分離和分析。不同糖類型的相同蛋白質，在電泳上會出現(xiàn)分散的條帶，導致信號分散。此外，對低豐度蛋白質的識別性差導致糖蛋白在色譜圖中分離不佳，質譜中有一簇分子量不準確的分辨不清的峰。目前，蛋白糖基化研究的主要策略是利用現(xiàn)有的技術體系對糖基化蛋白的糖基化肽段進行分離和富集，消除糖基化的異質性及其對質譜的影響，標記糖基化位點。從而實現(xiàn)高通量糖蛋白和糖基化位點的識別。常用的糖蛋白分離和富集技術有：a. 凝集素親和技術；b. 肼化學富集；c. 親水性相互作用色譜法；d. β-消除/邁克爾加成反應?；谫|譜的糖蛋白鑒定和糖基化位點測定方法有：a. PNGase F酶法；b. Endo H酶法；c. 三氟甲烷磺酸(TFMS)法。

琥珀酰化修飾蛋白質組技術特點：采用主流抗體親和富集方法，特異性高，富集效率好；通過高分辨率、高掃描速度的質譜，對富集的琥珀?；亩芜M行大規(guī)模鑒定；結合常用的定量技術可對不同樣品間的琥珀?；讲町愡M行定量比較。適用范圍：藥物作用靶點研究；疾病標志物篩選；植物脅迫/抗逆研究；作用機制研究；要求物種具有蛋白質參考數(shù)據(jù)庫、EST序列（轉錄組）或基因組注釋信息。應用方向：線粒體代謝、生物合成與代謝、中心代謝途徑、炎癥與疾病。蛋白質的翻譯后修飾通過可逆的共價鍵將小分子或蛋白質與底物蛋白質上特定的氨基酸結合。

磷酸化修飾蛋白組學應用：蛋白質組（Proteome）泛指一個生命體內所有蛋白質，蛋白質組學（Proteomics）是以蛋白質組為研究對象，研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規(guī)律的科學，是對蛋白質進行定性、定量及功能的分析。定性分析包括鑒定蛋白質的序列、PTM及蛋白之間的相互作用，對比來看，磷酸化蛋白質組（Phosphoproteome）就是蛋白質組中全部的磷酸化蛋白質，而磷酸化蛋白質組學（Phosphoproteomics，下文簡稱PP）就是針對磷酸化蛋白質的全方面的分析，包括對磷酸化的鑒定、定位和定量。本來屬于蛋白質組學的一個分支，但隨著研究的深入，人們在各個領域關于PP都有重大發(fā)現(xiàn)，基于PP的研究也越來越多。乙?；揎検侵冈诿富蚍敲缸饔孟?，將乙酰CoA的乙?；鶊F轉移至蛋白質氨基酸的殘基上。深圳丙?；揎椀鞍踪|組學方法

質譜可以分辨蛋白質修飾前和修飾后分子量上的變化。杭州亞硝基化修飾蛋白質組學技術服務

乙?；揎椀鞍捉M學簡介：乙?；前岩环N乙酰官能基團添加到另一種有機化合物上，并進行結合的過程。乙?；彩羌毎麅鹊鞍踪|翻譯后修飾的一種重要形式，其主要發(fā)生在組蛋白賴氨酸上，是由組蛋白乙酰轉移酶 (HATs) 催化的，其反過程去乙?；山M蛋白去乙酰酶 (Histone deacetylases，HDs 或者 HDACs) 催化的。關鍵組蛋白的 N-末端富含賴氨酸，生理條件下帶正電，按照組成可以分為 5 種，包括：關鍵組蛋白（core histone）：H2A、H2B、H3、H4；連接組蛋白（linker histone）：H1。組蛋白結構高度保守，尤其是 H4。關鍵組蛋白由球形部和尾部構成，球形部借 Arg 與磷酸二脂骨架間的靜電作用使 DNA 分子纏繞在組蛋白關鍵上，形成核小體，尾部含有大量 Arg 和 Lys，為轉譯后修飾的部位。H1 多樣性，具有屬和組織特異性。杭州亞硝基化修飾蛋白質組學技術服務