定量N-糖基化蛋白質組學：蛋白質的N-糖基化位點修飾是重要的蛋白質翻譯后修飾之一，主要在復雜的多細胞或組織形成過程中起關鍵作用。蛋白質的N-糖基化修飾位點具有保守的氨基酸序列NX（S/T）（其中X為除脯氨酸以外的其它氨基酸）凝集素親和法是目前糖蛋白質組學中應用普遍的分離富集方法。凝集素（lectin）是一類糖結合蛋白質，能專一識別某一特殊結構的單糖或聚糖中特定的糖基序列而與之結合，它們與糖鏈可逆非共價結合，糖蛋白或糖肽被凝集素捕獲之后，通常用特定的單糖通過競爭結合凝集素將糖蛋白或糖肽洗脫下來。蛋白質經過酶解后利用lectin 富集 N- 糖基化肽段，然后用 N- 糖酰胺酶（PNGase）在 H218O 中切除連接在天冬酰胺殘基（Asn）上的糖鏈。蛋白質組學技術有電噴霧質譜。杭州TMT／iTRAQ標記定量蛋白質組學分析方法

PRM靶向蛋白質組學：是一種基于Orbitrap為表示的高分辨、高精度質譜的離子監(jiān)視技術，首先利用四級桿質量分析器的選擇能力，用Q1選擇目標肽段的母離子，隨后在collisioncell中對母離子進行碎裂，然后利用Orbitrap分析器在二級質譜中檢測所選擇的母離子窗口內的所有碎片信息。這樣能夠對目標蛋白質、目標肽段（如發(fā)生翻譯后修飾的肽段）進行選擇性檢測，即可對目標蛋白質/肽段進行相對(一定)定量。從而實現對復雜樣本中的目標蛋白質/肽段進行準確地特異性分析。武漢定量乙?；鞍踪|組學分析方法蛋白質組具有很高的細胞和組織特異性，不同的細胞組織表達不同的蛋白質組。

蛋白質組學，指對某一基因組所表達的所有蛋白質及其特征進行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究，以期望在蛋白質水平上解釋控制復雜的生命活動的分子網絡。研究的內容主要包括：組成蛋白質一級結構氨基酸的序列特征、蛋白質的豐度、蛋白質活性、蛋白質的修飾、亞細胞定位和三維結構、蛋白質之間的相互作用以及對蛋白質的高階復合物結構。質譜技術的發(fā)展為這些研究提供了有力的技術支撐，使得許多有實際應用的蛋白質組功能研究成為可能，包括翻譯后修飾的整體分析，蛋白質相互作用網絡的重建和模式生物蛋白表達譜的定量研究；在臨床醫(yī)學和轉化醫(yī)學研究中也越來越多地應用到蛋白質組學技術。

蛋白質組學的分析介紹：蛋白質組學的分析主要指蛋白的生信分析，依賴于數據庫的建立。現在常用的蛋白質組學生信分析有GO功能分析和KEGG通路分析。GO（gene ontology）是基因本體聯合會（Gene Onotology Consortium）所建立的數據庫。根據基因產物的相關分子功能、生物學途徑、細胞組分而給予定義，無物種相關性。是系統(tǒng)分析基因功能，它將基因組的信息與基因功能聯系起來，旨在揭示生命現象的遺傳與化學藍圖。旨在借助計算機全方面地展示細胞和生物所包含的生物學信息；根據基因組中的信息，用計算機計算或者預測出比較復雜的細胞中的通路或者生物的復雜行為。蛋白質組學是以蛋白質組為研究對象，研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規(guī)律的科學。

常規(guī)蛋白質組學：Labelfree多肽組學：顧名思義，就是不使用任何標記方法，直接對肽段進行質譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單，只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計數（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測，所以會丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學：TMT全稱是TandemMassTag，是經典化學標記試劑，普遍用于差異表達蛋白質組分析研究中。該技術采用6重、10重或16重同位素標簽，與肽段的氨基發(fā)生共價結合反應，可實現同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質的定性和定量分析。（目前16標鹿明生物可提供技術服務）。蛋白質組意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”，即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。上海醫(yī)學蛋白質組學研究

蛋白質組的概念指由一個基因組，或一個細胞、組織表達的所有蛋白質。杭州TMT／iTRAQ標記定量蛋白質組學分析方法

蛋白組學樣本寄送前是否需要精確計數或是稱量？不同樣本寄送會有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實驗用量充足。不需要精確計數或是稱量，項目開展前會進行蛋白濃度的測定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機檢測，但是要保證每個樣本的寄樣量達到實驗要求。常規(guī)定量蛋白組實驗的主要步驟有哪些，數據分析內容包含哪些？實驗步驟：首先獲得生物學樣本，然后進行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑膠質控，還原烷基化，酶解，獲得肽段，（標記+分組分），上機檢測，搜庫軟件搜庫，數據分析；數據分析：主要分為基礎數據分析、?級數據分析和個性化數據分析三個部分?；A分析主要包括差異表達蛋白篩選、層次聚類分析分析、COG注釋分析、亞細胞定位分析、GO注釋富集分析、KEGG注釋分析、PPI分析等。杭州TMT／iTRAQ標記定量蛋白質組學分析方法