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江蘇外泌體蛋白質組學應用

來源: 發(fā)布時間:2022-04-22

蛋白質組學有什么用,能給我實驗帶來什么?可以大規(guī)模鑒定特定組織、細胞等各種樣本的蛋白質種類、修飾狀態(tài)以及蛋白質之間的相互作用,以及對這些蛋白質功能分析、分類;可以對不同條件下某一特定樣本進行大規(guī)模的蛋白質(包括翻譯后修飾蛋白)表達量變化分析,篩選潛在biomarker,篩選重要信號通路;依托大樣本量,可以實現疾病的分子分型分析、重要潛在靶標鑒定。質譜的蛋白質組學和芯片哪個更好出結果?若有對應物種的全基因組并有預測的全蛋白序列庫,可優(yōu)先選擇全蛋白序列庫;若無全蛋白序列庫,有對應物種對應組織的轉錄組測序結果并,可以使用轉錄組的測序結果(mRNA三框翻譯或者預測CDS,并翻譯成氨基酸序列);若基因組、轉錄組數據庫都沒有,優(yōu)先選擇同源性比較接近的物種的全蛋白數據庫,若近源物種沒有合適的全蛋白庫,則選擇更大的蛋白全庫(如動物全庫、綠色植物全庫、微生物庫等)。蛋白質組學為農業(yè)作物的進一步開發(fā)利用提供巨大的參考價值。江蘇外泌體蛋白質組學應用

蛋白質組學介紹:蛋白質組學,指對某一基因組所表達的所有蛋白質及其特征進行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究,以期望在蛋白質水平上解釋控制復雜的生命活動的分子網絡。研究的內容主要包括:組成蛋白質一級結構氨基酸的序列特征、蛋白質的豐度、蛋白質活性、蛋白質的修飾、亞細胞定位和三維結構、蛋白質之間的相互作用以及對蛋白質的高階復合物結構。蛋白質組主要通過蛋白質雙向電泳、氨基酸序列測定、質譜、生物信息等方法,研究某個基因組對應的所有蛋白質特征,包括蛋白質含量、亞細胞定位、活性以及蛋白修飾等內容。江蘇TMT/iTRAQ標記定量蛋白質組學檢測多少錢蛋白質組意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”,即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。

蛋白質組學技術:飛行時間質譜:MALDI的基本原理是將分析物分散在基質分子(尼古丁酸及其同系物)中并形成晶體,當用激光(337nm的氮激光)照射晶體時,基質分子吸收激光能量,樣品解吸附,基質-樣品之間發(fā)生電荷轉移使樣品分子電離。它從固相標本中產生離子,并在飛行管中測定其分子量,MALDI-TOF-MS一般用于肽質量指紋圖譜,非??焖伲看畏治鲋恍?~5min),靈敏(達到fmol水平),可以精確測量肽段質量,但是如果在分析前不修飾肽段,MALDI-TOF-MS不能給出肽片段的序列。

蛋白質組學的重要應用領域有:在臨床疾病中的應用、在微生物蛋白質組學中的應用、在植物研究中的應用、在腎臟病學領域的應用。我們通過研究蛋白質組,可以為患者提供有用的疾病診斷、預后評估信息;可以早期更為準確的診斷出胰腺??;也可以為AD的診斷、治理藥物的設計和篩選奠定基礎。這項研究技術其實離我們生活非常近,對我們生命而言尤為重要。近年來,高通量蛋白質分離與鑒定技術,如雙向電泳、生物質譜、蛋白質芯片、酵母雙雜交系統(tǒng)、生物信息學等相繼建立并日趨完善,加速了蛋白質組學的發(fā)展。Label Free 非標記定量蛋白質組學技術處理步驟簡單,成本低。

常規(guī)蛋白質組學:Labelfree多肽組學:顧名思義,就是不使用任何標記方法,直接對肽段進行質譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單,只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計數(Spectralcount),常用的是峰面積。不過,由于質譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測,所以會丟失一些豐度較低的肽段信息,缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學:TMT全稱是TandemMassTag,是經典化學標記試劑,普遍用于差異表達蛋白質組分析研究中。該技術采用6重、10重或16重同位素標簽,與肽段的氨基發(fā)生共價結合反應,可實現同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質的定性和定量分析。(目前16標鹿明生物可提供技術服務)。蛋白質組的概念指由一個基因組,或一個細胞、組織表達的所有蛋白質。哈爾濱4D定量蛋白質組學研究方法

DIA 定量蛋白質組學是高通量,能同時監(jiān)測所有目標蛋白。江蘇外泌體蛋白質組學應用

蛋白質組學技術:電噴霧質譜:ESI-MS是利用高電場使質譜進樣端的毛細管柱流出的液滴帶電,在N2氣流的作用下,液滴溶劑蒸發(fā),表面積縮小,表面電荷密度不斷增加,直至產生的庫侖力與液滴表面張力達到雷利極限,液滴爆裂為帶電的子液滴,這一過程不斷重復使液滴非常細小呈噴霧狀,這時液滴表面的電場非常強大,使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入質量分析器。ESI-MS從液相中產生離子,一般說來,肽段的混合物經過液相色譜分離后,經過偶聯的與在線連接的離子阱質譜分析,給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。目前,許多實驗室兩種質譜方法連用,獲得有意義的蛋白質的肽段序列,設計探針或引物來獲得有意義的基因。隨著蛋白質組研究的深入,又有多種新型質譜儀出現,主要是在上述質譜儀的基礎上進行改進與重新組合。江蘇外泌體蛋白質組學應用