蛋白質組學概念:蛋白質組學(英語:proteomics,又譯作蛋白質體學),是以蛋白質組為研究對象,研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規(guī)律的科學。蛋白質組(Proteome)一詞,源于蛋白質(protein)與基因組(genome)兩個詞的組合,意指“一種基因組所表達的全套蛋白質”,即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。蛋白質組學本質上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質的特征,包括蛋白質的表達水平,翻譯后的修飾,蛋白與蛋白相互作用等,由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發(fā)生,細胞代謝等過程的整體而全方面的認識。蛋白質組學,指對某一基因組所表達的所有蛋白質及其特征進行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究。哈爾濱PRM靶向定量蛋白質組學研究方法
蛋白組究竟研究原因:首先,由于翻譯調控和翻譯后調控的存在,RNA的表達量與實際對應蛋白質的含量相關性并不高,就簡單地測試了酵母中mRNA和對應蛋白質的定量相關性,結果是,低豐度蛋白與mRNA的相關性尤其低,而高豐度蛋白和其mRNA的相關性則高,經(jīng)過平均后r值只為0.4。蛋白質組學相關技術目前在一小部分]應用中具有獨特優(yōu)勢。蛋白組究竟研究的是什么呢?第1,蛋白質定性,或者說大規(guī)模檢測某些蛋白質是否存在于樣品當中;第2,蛋白質定量,也就是大規(guī)模檢測某些蛋白質的含量(包括一定含量與相對含量);第3,蛋白質翻譯后修飾,這些修飾主要包括磷酸化,泛素化,糖基化,乙?;鹊龋舶▽@些翻譯后修飾的定量研究。武漢定量蛋白組學質譜鑒定蛋白質組學可以通過系統(tǒng)性地研究蛋白質表達和翻譯后修飾變化對疾病的影響。
iTRAQ/TMT標記定量蛋白質組技術優(yōu)勢:1、結果可靠:基于高靈敏度和高分辨的串聯(lián)質譜方法,定性與定量同步進行,同時得出定性和定量結果,重復樣品間的蛋白表達量相關性高;2、靈敏度高:分級分離,降低樣品復雜度,相比凝膠電泳觀測到的蛋白變化在2倍以上,iTRAQ計算出的蛋白變化在1.3-1.6倍之間,可檢測低豐度蛋白;3、分離能力強:可分離出酸/堿性蛋白,小于10KDa或大于200KDa的蛋白、難溶性蛋白等;4、自動化程度高:液質聯(lián)用,自動化操作,分析速度快,分離效果好。
非標定量法(Label-free)是通過比較質譜分析次數(shù)或質譜峰強度,分析不同來源樣品蛋白的數(shù)量變化,認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率與其在混合物中的豐度成正相關,因此蛋白質被質譜檢測的計數(shù)反映了蛋白質的豐度,通過適當?shù)臄?shù)學公式可以將質譜檢測計數(shù)與蛋白質的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質進行定量。按照其原理主要分為兩種,第1種spectrumcounts類的非標記方法,發(fā)展比較早,已經(jīng)形成多種定量算法,但是主要的原理都是以MS2的鑒定結果為定量基礎,各種方法的差別在于后期算法在大規(guī)模數(shù)據(jù)上的修正。第二種非標記定量的原理是以MS1為基礎,計算每個肽段的信號強度在LC-MS上的積分。有很多蛋白質組學研究者在工業(yè)界和醫(yī)院進行相關研究和日常工作。
蛋白質組學的應用:蛋白質組學現(xiàn)已被普遍應用于生命科學研究領域,對理解細胞生長、分化、代謝、衰老與病變有著重要作用。尤其在疾病的研究中,蛋白質組學可以通過系統(tǒng)性地研究蛋白質表達和翻譯后修飾變化對疾病的影響,從而在分子層面對疾病進行分型,以起到對個性化療理研究的積極推進作用。蛋白質組學在醫(yī)學方面的應用是當今迅猛發(fā)展的研究領域之一,隨著蛋白質組學技術的不斷進步和普遍應用,基于蛋白質組學技術的醫(yī)療有望在不久的將來應用于大規(guī)模的臨床實踐中。蛋白質組(Proteome)一詞,源于蛋白質(protein)與基因組(genome)兩個詞的組合。武漢定量蛋白組學質譜鑒定
蛋白質組學技術的本質(從分析化學角度來看),就是對蛋白質的定性定量分析。哈爾濱PRM靶向定量蛋白質組學研究方法
蛋白質組學技術:蛋白質組學技術的發(fā)展已經(jīng)成為現(xiàn)代的生物技術快速發(fā)展的重要支撐,并將帶領生物技術取得關鍵性的突破。為幫助生命科學領域的工作者全方面掌握蛋白質組學的技術與方法、實驗難點與關鍵點、研究前沿與熱點,包括雙向凝膠電泳、等電聚焦、生物質譜分析及非凝膠技術。雙向凝膠電泳:雙向凝膠電泳的原理是第1向基于蛋白質的等電點不同用等電聚焦分離,第二向則按分子量的不同用SDS-PAGE分離,把復雜蛋白混合物中的蛋白質在二維平面上分開。由于雙向電泳技術在蛋白質組與醫(yī)學研究中所處的重要位置,它可用于蛋白質轉錄及轉錄后修飾研究,蛋白質組的比較和蛋白質間的相互作用,細胞分化凋亡研究,致病機制及耐藥機制的研究,療效監(jiān)測,新藥開發(fā),病癥研究,蛋白純度檢查,小量蛋白純化,新替代疫苗的研制等許多方面。近年來經(jīng)過多方面改進已成為研究蛋白質組的比較有使用價值的關鍵方法。哈爾濱PRM靶向定量蛋白質組學研究方法