蛋白質組學研究內容：1.蛋白質鑒定：可以利用一維電泳和二維電泳并結合相關技術，利用蛋白質芯片和抗體芯片及免疫共沉淀等技術對蛋白質進行鑒定研究。2.翻譯后修飾：很多mRNA表達產生的蛋白質要經歷翻譯后修飾如磷酸化，糖基化，酶原刺激等。翻譯后修飾是蛋白質調節(jié)功能的重要方式，因此對蛋白質翻譯后修飾的研究對闡明蛋白質的功能具有重要作用。3.蛋白質功能確定：如分析酶活性和確定酶底物，細胞因子的生物分析/配基-受體結合分析?？梢岳没蚯贸头戳x技術分析基因表達產物-蛋白質的功能。另外對蛋白質表達出來后在細胞內的定位研究也在一定程度上有助于蛋白質功能的了解。有的熒光蛋白表達系統(tǒng)就是研究蛋白質在細胞內定位的一個很好的工具。蛋白質組學技術有生物質譜。哈爾濱Label free非標記定量蛋白質組學

常規(guī)蛋白質組學：Labelfree多肽組學：顧名思義，就是不使用任何標記方法，直接對肽段進行質譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單，只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測，所以會丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學：TMT全稱是TandemMassTag，是經典化學標記試劑，普遍用于差異表達蛋白質組分析研究中。該技術采用6重、10重或16重同位素標簽，與肽段的氨基發(fā)生共價結合反應，可實現(xiàn)同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質的定性和定量分析。（目前16標鹿明生物可提供技術服務）。浙江定量蛋白組學應用蛋白質組研究是對基因組研究的重要補充。

iTRAQ/TMT標記定量蛋白質組技術優(yōu)勢：1、結果可靠：基于高靈敏度和高分辨的串聯(lián)質譜方法，定性與定量同步進行，同時得出定性和定量結果，重復樣品間的蛋白表達量相關性高；2、靈敏度高：分級分離，降低樣品復雜度，相比凝膠電泳觀測到的蛋白變化在2倍以上，iTRAQ計算出的蛋白變化在1.3-1.6倍之間，可檢測低豐度蛋白；3、分離能力強：可分離出酸/堿性蛋白，小于10KDa或大于200KDa的蛋白、難溶性蛋白等；4、自動化程度高：液質聯(lián)用，自動化操作，分析速度快，分離效果好。

蛋白質組學：質譜分析蛋白質組學的基本原理主要是通過測定被測樣品離子的理化性質來進行分析，根據(jù)樣品的質量譜圖和相關信息從而得到定性和定量結果。目前，蛋白質組學質譜分析一般是根據(jù)保留時間（retentiontime）、質荷比（m/z）、離子強度（intensity）這三個維度對肽蛋白質進行鑒定和定量，即3D蛋白質組學。4D蛋白質組學在3D蛋白質組學的基礎之上增加了第四維度，離子淌度（mobility），主要根據(jù)離子的形狀和截面對離子進行分離，能夠區(qū)分m/z差值非常小的肽段，使低豐度蛋白信號能夠被區(qū)分和識別出來。4D蛋白質組學基于timsTOFPro質譜儀，結合PASEF（ParallelAccumulationSerialFragmentation，同步累積連續(xù)碎裂）與TIMS（TrappedIonMobilitySpectrometry，離子遷移譜），可重復測量所有檢測離子的碰撞截面（CCS），能更快、更靈敏的進行蛋白質組定性和定量。有很多蛋白質組學研究者在工業(yè)界和醫(yī)院進行相關研究和日常工作。

LabelFree(非標記蛋白質組學技術)：在非標記策略的定量模型中，主要涉及兩種不同的算法：其一，以肽段的色譜峰積分面積為基礎，通過比較一對生物樣品中相對應到蛋白質酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度；其二，以肽段被質譜檢測的計數(shù)為基礎，通過歸一化來表征被檢測蛋白質的相對豐度。非標記技術認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率（Counts）與其在混合物中的豐度成正相關，因此蛋白質被質譜檢測的計數(shù)反映了蛋白質的豐度，通過適當?shù)臄?shù)學公式可以將質譜檢測計數(shù)與蛋白質的量聯(lián)系起來，從而對蛋白質進行定量。蛋白質組（Proteome）一詞，源于蛋白質（protein）與基因組（genome）兩個詞的組合。杭州醫(yī)學蛋白質組學費用

蛋白質組學相關技術目前在一小部分]應用中具有獨特優(yōu)勢。哈爾濱Label free非標記定量蛋白質組學

非標定量法(Label-free)是通過比較質譜分析次數(shù)或質譜峰強度，分析不同來源樣品蛋白的數(shù)量變化，認為肽段在質譜中被捕獲檢測的頻率與其在混合物中的豐度成正相關，因此蛋白質被質譜檢測的計數(shù)反映了蛋白質的豐度，通過適當?shù)臄?shù)學公式可以將質譜檢測計數(shù)與蛋白質的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質進行定量。按照其原理主要分為兩種，第1種spectrumcounts類的非標記方法，發(fā)展比較早，已經形成多種定量算法，但是主要的原理都是以MS2的鑒定結果為定量基礎，各種方法的差別在于后期算法在大規(guī)模數(shù)據(jù)上的修正。第二種非標記定量的原理是以MS1為基礎，計算每個肽段的信號強度在LC-MS上的積分。哈爾濱Label free非標記定量蛋白質組學