蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用：蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)。labelfree-非標(biāo)定量法分析技術(shù)方法：非標(biāo)定量法[Labelfree]是近年來重要的質(zhì)譜定量方法，通過比較質(zhì)譜分析次數(shù)或質(zhì)譜峰強(qiáng)度，分析不同來源樣品蛋白的數(shù)量變化。蛋白質(zhì)非標(biāo)記定量技術(shù)（LabelFree）是通過液質(zhì)聯(lián)用技術(shù)對蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行質(zhì)譜分析，無需使用昂貴的穩(wěn)定同位素標(biāo)簽做內(nèi)部標(biāo)準(zhǔn)，只需分析大規(guī)模鑒定蛋白質(zhì)時所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)，比較不同樣品中相應(yīng)肽段的信號強(qiáng)度，從而對肽段對應(yīng)的蛋白質(zhì)進(jìn)行相對定量。蛋白質(zhì)組（Proteome）一詞，源于蛋白質(zhì)（protein）與基因組（genome）兩個詞的組合。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜鑒定

定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法學(xué)介紹：Label-free：Label-free定量，即非標(biāo)記的定量蛋白質(zhì)組學(xué)，不需要對比較樣本做特定標(biāo)記處理，只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質(zhì)譜響應(yīng)信號便可得到樣品間蛋白表達(dá)量的變化，通常用于分析大規(guī)模蛋白鑒定和定量時所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。Label-free定量不需要標(biāo)記處理，操作簡單，可以做任意樣本的總蛋白質(zhì)差異定量，但對實驗操作的穩(wěn)定性、重復(fù)性要求較高，準(zhǔn)確性也較標(biāo)記定量差。因此，Label-free技術(shù)適合于大樣本量的定量比較，以及對無法用標(biāo)記定量實現(xiàn)的實驗設(shè)計。江蘇Label free多肽組學(xué)研究蛋白質(zhì)組學(xué)包括蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。

常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)：Labelfree多肽組學(xué)：顧名思義，就是不使用任何標(biāo)記方法，直接對肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單，只需要對蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質(zhì)譜采集時只選取topN的母離子進(jìn)行二級碎裂和MS2檢測，所以會丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)：TMT全稱是TandemMassTag，是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑，普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽，與肽段的氨基發(fā)生共價結(jié)合反應(yīng)，可實現(xiàn)同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。（目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù)）。

蛋白質(zhì)組學(xué)：質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)組學(xué)的基本原理主要是通過測定被測樣品離子的理化性質(zhì)來進(jìn)行分析，根據(jù)樣品的質(zhì)量譜圖和相關(guān)信息從而得到定性和定量結(jié)果。目前，蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析一般是根據(jù)保留時間（retentiontime）、質(zhì)荷比（m/z）、離子強(qiáng)度（intensity）這三個維度對肽蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量，即3D蛋白質(zhì)組學(xué)。4D蛋白質(zhì)組學(xué)在3D蛋白質(zhì)組學(xué)的基礎(chǔ)之上增加了第四維度，離子淌度（mobility），主要根據(jù)離子的形狀和截面對離子進(jìn)行分離，能夠區(qū)分m/z差值非常小的肽段，使低豐度蛋白信號能夠被區(qū)分和識別出來。4D蛋白質(zhì)組學(xué)基于timsTOFPro質(zhì)譜儀，結(jié)合PASEF（ParallelAccumulationSerialFragmentation，同步累積連續(xù)碎裂）與TIMS（TrappedIonMobilitySpectrometry，離子遷移譜），可重復(fù)測量所有檢測離子的碰撞截面（CCS），能更快、更靈敏的進(jìn)行蛋白質(zhì)組定性和定量。蛋白質(zhì)組可以隨著組織、甚至環(huán)境狀態(tài)的不同而改變。

Labelfree非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)特點：（1）不需要標(biāo)記處理，操作簡單，成本低、實驗周期短；（2）每個樣品單獨(dú)處理、上機(jī)；（3）可以做任意樣本的總蛋白質(zhì)差異定量，樣品類型不受限制；（4）對單個樣品的蛋白總量要求相對較低，對于組織本身蛋白量不高，可以選擇Label-Free，適用于一些難收集樣品；（5）定性沒有問題，但是定量的準(zhǔn)確性較標(biāo)記定量稍差，會受到質(zhì)譜穩(wěn)定性等因素的影響；（6）適合于大樣本量的定量比較（大于24個樣本）。蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用：蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)。蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)目前在一小部分]應(yīng)用中具有獨(dú)特優(yōu)勢。貴陽PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)項目

生物質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中比較重要的鑒定技術(shù)。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜鑒定

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的發(fā)展已經(jīng)成為現(xiàn)代的生物技術(shù)快速發(fā)展的重要支撐，并將帶領(lǐng)生物技術(shù)取得關(guān)鍵性的突破。為幫助生命科學(xué)領(lǐng)域的工作者全方面掌握蛋白質(zhì)組學(xué)的技術(shù)與方法、實驗難點與關(guān)鍵點、研究前沿與熱點，包括雙向凝膠電泳、等電聚焦、生物質(zhì)譜分析及非凝膠技術(shù)。雙向凝膠電泳：雙向凝膠電泳的原理是第1向基于蛋白質(zhì)的等電點不同用等電聚焦分離，第二向則按分子量的不同用SDS-PAGE分離，把復(fù)雜蛋白混合物中的蛋白質(zhì)在二維平面上分開。由于雙向電泳技術(shù)在蛋白質(zhì)組與醫(yī)學(xué)研究中所處的重要位置，它可用于蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后修飾研究，蛋白質(zhì)組的比較和蛋白質(zhì)間的相互作用，細(xì)胞分化凋亡研究，致病機(jī)制及耐藥機(jī)制的研究，療效監(jiān)測，新藥開發(fā)，病癥研究，蛋白純度檢查，小量蛋白純化，新替代疫苗的研制等許多方面。近年來經(jīng)過多方面改進(jìn)已成為研究蛋白質(zhì)組的比較有使用價值的關(guān)鍵方法。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜鑒定

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