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上海宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-03-12

轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq):轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq)主要通過高通量測序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量,進(jìn)而對相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實(shí)現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片,不過由于高通量測序成本的下降,RNA-seq的運(yùn)用愈來愈普遍。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測。上海宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué):是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly(A)結(jié)構(gòu),主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時(shí)由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)的催化關(guān)鍵,然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。杭州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度。

全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)優(yōu)勢:文庫優(yōu)化:針對不同長度的序列采用兩種文庫構(gòu)建方法,采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全:全轉(zhuǎn)錄組測序完成后可獲取4類主要RNA(miRNA,mRNA,lncRNA,circRNA)數(shù)據(jù),可對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析及整合分析。關(guān)聯(lián)全:通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續(xù)分析,深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(ceRNA網(wǎng)絡(luò))分析。樣本類型:細(xì)胞,組織,體液、血清、血漿、全血,總RNA等。建議總RNA起始量:>15μg,濃度≥200ng/μL)。

全轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫?全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個(gè)測序文庫,一個(gè)小RNA文庫和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,然后分別上機(jī)測序。小RNA長度較短,一般小于50nt,采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可達(dá)幾萬,通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更高的檢測通量。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實(shí)用價(jià)值嗎?二者實(shí)用價(jià)值非常大,尤其是對有瘤的患者的醫(yī)治,簡直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價(jià)值。例如研究某個(gè)基因功能的時(shí)候,可以構(gòu)建該基因的敲除或者過表達(dá)生物,然后對比野生型進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。此外在醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用也很大,例如在有的瘤病人中進(jìn)行基因組學(xué)測序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動(dòng)基因,然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動(dòng)基因研究靶向藥物,從而推動(dòng)瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治!轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性的特點(diǎn)。杭州高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。上海宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計(jì)劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,科學(xué)家也逐漸認(rèn)識到對基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來需要解決的問題是:研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達(dá)調(diào)控方式,以及這些基因在不同的時(shí)空條件下的表達(dá)差異等。這些問題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來解決,而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對基因及其轉(zhuǎn)錄表達(dá)產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué),將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。上海宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組鑒定

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