全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序:由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制,因此在進(jìn)行測(cè)序之前,需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,之后再通過(guò)與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本,這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例,同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì):1、全方面鑒定可變剪切;2、發(fā)現(xiàn)更多新基因;3、有效改善基因組注釋?zhuān)?、鑒定更多的LncRNA;5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路:由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù),因而其成本依然較高,如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組,通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān),因此,全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究
轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順?lè)醋?,如果按照無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話,難度較大,組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標(biāo),差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn),那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問(wèn)題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標(biāo)基因?對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象;根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道,挑選相關(guān)差異基因,不要局限在自己研究的物種上。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更普遍的檢測(cè)范圍。
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制:circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類(lèi)為:依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上,通過(guò)連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn),索尾插接形成環(huán)化,然后通過(guò)剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列,首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體,再通過(guò)可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?;蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競(jìng)爭(zhēng)進(jìn)行RNA配對(duì),然后通過(guò)可變剪切形成不同類(lèi)型的circRNA。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念:普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA,獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA,然后建庫(kù)測(cè)序,獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類(lèi)型的細(xì)胞,尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織進(jìn)行測(cè)序時(shí),它們本身就是由不同類(lèi)型的細(xì)胞組成的,而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來(lái)測(cè)序,相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類(lèi)型的差異,展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài),所以說(shuō)單細(xì)胞從這個(gè)來(lái)看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè),不是用一堆細(xì)胞測(cè)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括:mRNA、ncRNA、rRNA等。
轉(zhuǎn)錄組學(xué),基因組學(xué),蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別:蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白,組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類(lèi)似,將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段,在通過(guò)質(zhì)量反推蛋白序列,之后進(jìn)行搜索,標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和,可以用芯片,也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針,測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA。基因組學(xué)研究的主要是基因組DNA,使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹?,將基因組拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步,隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)。四川轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜分析
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究
普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況?普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類(lèi):一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程;二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么?需要幾個(gè)重復(fù)?生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也不例外,至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí),通過(guò)對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制,盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無(wú)關(guān)的背景條件控制在同一水平,減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只能測(cè)到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序通過(guò)構(gòu)建兩個(gè)測(cè)序文庫(kù)(一是小RNA測(cè)序文庫(kù)、二是lncRNA測(cè)序文庫(kù))是可以測(cè)到以上4種RNA的。貴州IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究
上海拜譜生物科技有限公司致力于商務(wù)服務(wù),是一家服務(wù)型的公司。公司自成立以來(lái),以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個(gè)細(xì)節(jié),公司旗下多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測(cè),蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)深受客戶的喜愛(ài)。公司從事商務(wù)服務(wù)多年,有著創(chuàng)新的設(shè)計(jì)、強(qiáng)大的技術(shù),還有一批**的專(zhuān)業(yè)化的隊(duì)伍,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。在社會(huì)各界的鼎力支持下,持續(xù)創(chuàng)新,不斷鑄造***服務(wù)體驗(yàn),為客戶成功提供堅(jiān)實(shí)有力的支持。