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丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)一般流程

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-01-26

蛋白質(zhì)糖基化修飾組學(xué)技術(shù):糖基化是在酶的控制下,蛋白質(zhì)或脂質(zhì)附加上糖類的過程,發(fā)生于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體等部位。在糖基轉(zhuǎn)移酶作用下將糖轉(zhuǎn)移至蛋白質(zhì),和蛋白質(zhì)上的氨基酸殘基共價(jià)結(jié)合。蛋白質(zhì)經(jīng)過糖基化作用,形成糖蛋白。糖基化是對(duì)蛋白的重要的修飾作用,有調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)功能作用。凝素親和法是目前糖蛋白質(zhì)組學(xué)中應(yīng)用普遍的分離富集方法。凝集素(lectin)是一類糖結(jié)合蛋白質(zhì),能專一識(shí)別某一特殊結(jié)構(gòu)的單糖或聚糖中特定的糖基序列而與之結(jié)合,它們與糖鏈可逆非共價(jià)結(jié)合,糖蛋白或糖肽被凝集素捕獲之后,通常用特定的單糖通過競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合凝集素將糖蛋白或糖肽洗脫下來。蛋白質(zhì)經(jīng)過酶解后利用凝集素(lectin)富集N-糖基化肽段,然后用N-糖酰胺酶(PNGase)在H218O中切除連接在天冬酰胺殘基(Asn)上的糖鏈。蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)磷酸化修飾具有簡(jiǎn)單的特性。丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)一般流程

蛋白磷酸化檢測(cè)方法:一、Western Blot檢測(cè)方法優(yōu)勢(shì):1. WB方法簡(jiǎn)便,多數(shù)實(shí)驗(yàn)室具備Western Blot設(shè)備條件。2. 許多磷酸化抗體十分靈敏,能夠檢測(cè)低至10ug的蛋白樣品。3. 對(duì)于豐度低的蛋白,可以先通過IP使用目標(biāo)蛋白的抗體對(duì)目標(biāo)蛋白進(jìn)行富集,再進(jìn)行WB檢測(cè)被磷酸化的蛋白,檢測(cè)效率可以提高幾倍甚至幾十倍。二、質(zhì)譜檢測(cè)方法:Western Blot的方法雖然簡(jiǎn)便,但是對(duì)于大規(guī)模分析復(fù)雜的生物樣品的磷酸化水平就不再適用了。而質(zhì)譜卻能很好的解決這一問題。依靠高準(zhǔn)確度質(zhì)譜儀,如今快速準(zhǔn)確分析細(xì)胞中高豐度蛋白的磷酸化修飾已是非常簡(jiǎn)單的事。具體的檢測(cè)方法為先通過SDS-PAGE膠,或者2D-PAGE膠等分離目標(biāo)蛋白,將含有目標(biāo)蛋白的條帶切下,胰酶消化,LC-MS/MS檢測(cè)分析蛋白序列和相應(yīng)位點(diǎn)的磷酸化修飾。這個(gè)方法適用于同時(shí)檢測(cè)多個(gè)目標(biāo)蛋白的磷酸化水平。北京琥珀?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)一般流程蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)具有全方面性。

翻譯后修飾蛋白組學(xué)分析:在蛋白翻譯后修飾方式的鑒定過程中,蛋白會(huì)首先被酶切成肽段,然后進(jìn)入質(zhì)譜進(jìn)行分析。通過質(zhì)譜分析,得到的是一系列肽段的分子質(zhì)量信息。對(duì)于某一個(gè)特定肽段而言,在沒有發(fā)生任何翻譯后修飾的情況下,其序列信息和分子量是確定的。當(dāng)它發(fā)生了某種翻譯后修飾之后,例如磷酸化修飾,由于序列信息和分子量是確定的,磷酸根的分子量也是確定的。在質(zhì)譜檢測(cè)過程中發(fā)現(xiàn)其中的部分肽段的分子量剛好增加了一個(gè)磷酸根的分子量,假設(shè)這個(gè)肽段就發(fā)生了磷酸化修飾,再通過二級(jí)質(zhì)譜圖進(jìn)行二次確認(rèn)。

翻譯后修飾蛋白組:翻譯后修飾蛋白組分析是指在組學(xué)水平上對(duì)存在翻譯后修飾的蛋白質(zhì)進(jìn)行分析。翻譯后修飾蛋白組是指細(xì)胞或組織等整體水平上的翻譯后修飾蛋白。蛋白質(zhì)的翻譯后修飾(Post Translational Modifications, PTMs)是蛋白質(zhì)在翻譯中或翻譯后經(jīng)歷的一個(gè)共價(jià)加工過程。蛋白翻譯后修飾通過在一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基上加修飾基團(tuán)或通過蛋白質(zhì)水解去基團(tuán)而改變蛋白質(zhì)的性質(zhì),調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的功能。經(jīng)過翻譯后修飾的蛋白質(zhì)稱為翻譯后修飾蛋白。目前,已知的蛋白質(zhì)翻譯后修飾主要包括糖基化、磷酸化、乙酰化、泛素化、二硫鍵配對(duì)、甲基化和亞硝基化等等。蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)具有可靠性。

蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)技術(shù)優(yōu)點(diǎn):1、全方面性:磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)以整個(gè)細(xì)胞蛋白為研究對(duì)象,研究?jī)?nèi)容包括了細(xì)胞內(nèi)具有生命功能的蛋白,如細(xì)胞增生、細(xì)胞分裂和細(xì)胞分化等相關(guān)蛋白,因而研究更為全方面。2、可靠性:傳統(tǒng)的生物學(xué)研究蛋白質(zhì)磷酸化往往針對(duì)特定條件,以兩個(gè)蛋白或更多蛋白之間的相互作用為出發(fā)點(diǎn),具有局限性,缺乏整體認(rèn)識(shí)。磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)則可檢測(cè)不同蛋白激酶及磷酸化酶對(duì)同一個(gè)蛋白磷酸化程度的影響,因而結(jié)果具有普遍性和可靠性。3、有效性:磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)反映的是細(xì)胞內(nèi)真實(shí)發(fā)生的事件,在一次試驗(yàn)中考慮了不同變量,克服了生物學(xué)中逐步添加變量的缺陷。4、探索性:磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)以細(xì)胞內(nèi)蛋白為研究對(duì)象,相對(duì)于傳統(tǒng)的生物學(xué)研究以及蛋白質(zhì)芯片,更易發(fā)現(xiàn)未知的新磷酸化位點(diǎn)和磷酸化蛋白質(zhì)。如果可以聯(lián)合生物學(xué)技術(shù),則可以發(fā)現(xiàn)具有磷酸化或者去磷酸化功能的酶。在眾多乙?;揎椀牡鞍踪|(zhì)中,研究較多的要數(shù)細(xì)胞核中包圍DNA的組蛋白了。北京琥珀?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)一般流程

蛋白質(zhì)乙?;揎?,顧名思義指的就是在蛋白質(zhì)原有基礎(chǔ)上面嫁接上乙?;鶊F(tuán)。丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)一般流程

蛋白質(zhì)磷酸化修飾定義?在哺乳動(dòng)物細(xì)胞生命周期中,大約有1/3的蛋白質(zhì)發(fā)生過磷酸化修飾,在脊椎動(dòng)物基因中,約有5%的基因編碼的蛋白質(zhì)是參與磷酸化和去磷酸化過程的蛋白激酶和磷酸酶。它可以通過激發(fā)、調(diào)節(jié)諸多信號(hào)通路進(jìn)而參與調(diào)控生物體的生長、發(fā)育、逆境應(yīng)激、疾病發(fā)生等多種生命過程,一直是生物學(xué)研究的重點(diǎn)與熱點(diǎn)。蛋白磷酸化是指在激酶催化作用下把ATP或者GTP的磷酸基團(tuán)(P04)轉(zhuǎn)移到不同種類的氨基酸上(主要包括絲氨酸S、蘇氨酸T、酪氨酸Y),從而使蛋白質(zhì)發(fā)生翻譯后修飾的過程。丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)一般流程

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